Edmontosaurus chỉ có hai loài hợp lệ: E. regalis, và E. annectens.[8][9] E. regalis chỉ được biết đến từ Thành hệ Hẻm Horseshoe tại Alberta, có niên đại vào bậc Campanian cuối kỷ Phấn trắng. Có ít nhất một chục cá thể được biết đến,[9] bao gồm bảy hộp sọ có phần sau liền mạch và năm đến bảy hộp sọ khác.[8][33] Các loài trước đây được coi là Thespesius edmontoni hoặc Anatosaurus edmontoni đại diện cho các cá thể chưa trưởng thành.[9][17][36]

E. annectens được biết đến từ Thành hệ Frenchman tại Saskatchewan, Thành hệ Hell Creek tại Montana, và thành hệ Lance tại Nam Dakota và Wyoming. Chúng bị giới hạn trong các tầng đá Maastrichtian muộn, và đại diện bởi ít nhất hai mươi hộp sọ, một số có phần xương sau.[9] Một tác giả, Kraig Derstler, đã mô tả E. annectens "có lẽ là loài khủng long nổi tiếng nhất cho đến nay [1994]."[37] Anatosaurus copei và E. saskatchewanensis được cho là hai giai đoạn sinh trưởng của E. annectens: A. copei là dạng trưởng thành, và E. saskatchewanensis là dạng vị thành niên.[11] Trachodon longiceps có thể là danh pháp đồng nghĩa của E. annectens.[8] Anatosaurus edmontoni; đã bị liệt kê nhầm là danh pháp đồng nghĩa của E. annectens trong cả hai đánh giá của nhánh Dinosauria,[8][33] nhưng có lẽ đây không hoàn toàn là sai lầm.[9][36]

E. annectens khác với E. regalis bởi một hộp sọ dài hơn, thấp hơn, kém săn chắc hơn.[6][9] Mặc dù Brett-Surman coi E. regalis và E. annectens có khả năng là đại diện cho giống đực và giống cái của cùng một loài,[34] tất cả các mẫu E. regalis đều có niên đại già hơn mẫu E. annectens.[36]

Các mẫu Edmontosaurin từ hệ tầng Prince Creek ở Alaska trước đây được gán cho Edmontosaurus sp. đã được đặt tên và chi loài riêng của chúng, Ugrunaaluk kuukpikensis.[38] Tuy nhiên, việc tạo ra chi Ugrunaaluk như một chi riêng biệt bị đặt dấu hỏi bởi một nghiên cứu vào năm 2017 từ Hai Xing và các đồng nghiệp, những người coi đây là một Nomen dubium (danh pháp nghi ngờ) không có điểm khác biệt nào so với các Edmontosaurus khác.[39] Edmontosaurus cũng được báo cáo từ thành hệ Javelina ở Vườn quốc gia Big Bend, phía tây Texas dựa trên mẫu TMM 41442-1,[40] nhưng sau đó được coi là loài Kritosaurus cf. navajovius bởi Wagner (2001), trước khi được gán cho Kritosaurus sp. bởi Lehman et al. (2016).[41][42][43]